1-2-1- تقسیم‌بندی عفونتهای قارچی از نظر پزشكی: 12

 

1-3- درماتوفیتوزیس (كچلی): 13

 

1-3-1- عوامل بیماری: 14

 

1-3-2- اكولوژی: 15

 

1-3-3-پراكندگی درماتوفیت‌ها 16

 

1-3-4- بیماریزایی: 17

 

1-3-5- تشخیص و شناسایی درماتوفیت‌ها: 18

 

1-3-6- تقسیم‌بندی درماتوفیت‌ها: 19

 

1-3-7- اشكال بالینی عفونتهای ناشی از درماتوفیت‌ها (كچلی‌ها): 22

 

1-3-7-1- كچلی در حیوانات… 26

 

1-4- ترایكوفایتون ویولاسئوم(T.violaceum). 26

 

1-4-1- مشخصات ظاهری كلنی: 27

 

1-4-2 مشخصات ریزبینی: 27

 

1-4-3 تشخیص افتراقی.. 27

 

1-4-4 علایم بالینی: 28

 

1-4-5 راههای انتقال: 29

 

1-4-6- ایمونولوژی ترایكوفایتون‌ ویولاسئوم. 30

 

1-4-7 اپیدمیولوژی: 31

 

1-4-8 درمان: 32

 

1-5 مطالعات بیولوژی مولكولی: 33

 

1-5-1 بیولوژی اسكوالن اپوكسیداز (SE) (منواكسیژناز): 38

 

1-5-2 ویژگی استرول‌ها و نقش اسكوالن اپوكسیداز: 39

 

1-5-4 مكانیسم اثرات داروهای ضد قارچی بر ارگوسترول. 46

 

1-5-5 بررسی مولكولی اسكوالن اپوكسیدازدرقارچها و رابطه آن با مقاومت دارویی: 48

 

–

 

2-2 طراحی پرایمرها: 55

 

2-2-1 آماده سازی پرایمرها: 56

 

2-3 استخراج DNA: 57

 

روش كار: 57

 

2-4 تكثیر ژن سنتزكننده  آنزیم اسكوالن اپوكسیداز توسط PCR: 59

 

2-5 خالص‌سازی محصولات PCR: 60

 

 

 

–

 

3-1 بررسی ماكروسكوپی قارچ درماتوفیت ترایكوفایتون  ویولاسئوم. 64

 

3-2 بررسی میكروسكوپی (ریزبینی) قارچ درماتوفیت ترایكوفایتون ویولاسئوم. 64

 

3-3 : كشت انبوه در محیط SCC  مایع.. 64

 

3-4 استخراج DNA.. 64

 

3- 5 محصول PCR.. 65

 

3-7 تعیین توالی ژن اسكوالن اپوكسیداز در قارچ درماتوفیت ترایكوفایتون ویولاسئوم. 65

 

–

 

 

1-4- بحث… 71

 

4-2- پیشنهادات: 77

 

Refrences: 78

 

 

 

فهرست اشکال

 

.. 66

 

شکل(3-2-1) منظره ریزبینی قارچ ترایكوفایتون ویولاسئوم با درشت نمایی 40×. 66

 

شكل (3-4). 67

 

شكل (3-5). 67

 

شكل (3-6) همولوژی سكانس پروتئین آنزیم اسكوالن اپوكسیداز در قارچ ترایكو فایتون ویولاسئوم  با سایر موجودات   77

 

 

 

چکیده

 

قارچviolaceum    Trichophyton مسئول اپیدمیهای بسیاری از عفونتهای درماتوفیتی می باشد.   

 

ترایکوفایتون ویولاسئوم در انسان ایجاد کچلی بدن، پا، ناخن و دست می کند.همچنین  به  موها حمله و ایجاد کونیدیاهایخارج و داخل مو(اکتواندوتریکس) میکند. کلونیزه شدن درماتوفیتها محدود به بافت های کراتینه و مردۀ لایه شاخی بوده و ممکن است منجر به واکنش های التهابی خفیف تا شدید گردد .ایمنی هومورال،سلولی و نیز دفاع غیراختصاصی میزبان علیه درماتوفیت ها فعال بوده که می توانند باعث حذف قارچ گردند و درنتیجه از پیشرفت عفونت به سمت بافتهای تحتانی جلوگیری نمایند.خصوصیات و ویژگیهای متعددی از این قارچ تاكنون مورد بررسی واقع شده اما در زمینه بیولوژی مولكولی این قارچ مطالعات محدودی انجام گرفته است.موجودات زنده چه پرسلولی و چه تك سلولی بوسیله غشایی احاطه می شوند كه آنها را از محیط اطرافشان مجزا می سازد.تركیب این غشاء بسیار مهم است چرا كه در حفظ و پایداری غشاء دخیل می باشد.استرولها یكی از تركیبات لازم در تمام سلولهای یوكاریوتی می باشد كه البته در سلولهای قارچی نوع ارگوسترول آن موجود است.این تركیب در فعالیتهای مختلفی از جمله در تعدیل سیالیت غشاء، تراوایی و فعالیت آنزیمهای باند شده به غشاء، تنظیم چرخه سلولی و فتواكسیداسیون مؤثر می باشد.از آنزیمهای مؤثر در بیوسنتز این تركیب، می توان به اسكوالن اپوكسیداز اشاره كرد. این آنزیم در مسیر بیوسنتزارگوسترول مهم می باشد و برای فعالیت به مولكول FAD و NADPH  واكسیژن احتیاج دارد .این آنزیم هدف برخی از داروهای ضد قارچی می باشد.عفونتهای درماتوفیتی معمولا به درمان های ضد قارچی موضعی پاسخ میدهند.هرچند در درمان عفونتهای شدید و موارد کچلی پا و ناخن درمانهای موضعی بی ارزش است.همچنین در مواردی که بیماری به فرم مزمن تبدیل میشود درمان های معمول با داروهای ضد قارچی به خوبی پاسخ نمیدهند.بر همین اساس شناخت و وجود این ژن و همچنین مسیرهای متابولیکی آن اقدامی مهم در جهت ساخت دارو یا داروهای مفید ضد این میکروارگانیسم میباشد.

 

1-5-تاریخچه اشرشیا…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….5

 

1-5-1-خانواده انتروباکتریاسه…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….5

 

1-5-2-اشرشیا کلی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….6

 

1-5-3-طبقه بندی…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………6

 

1-5-3-1-ساختار آنتی ژنی اشرشیا کلی…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………7

 

1-5-3-2-ساختار آنتی ژن سوماتیک یا آنتی ژن O…………………………………………………………………………………………………………………………………….7

 

1-5-3-3-ساختار آن کپسولی یا آنتی ژن K………………………………………………………………………………………………………………………………………………….8

 

1-5-3-4-ساختار آنتی ژن تاژکی یا آنتی ژن تاژکی یا آنتی ژن H………………………………………………………………………………………………………….9

 

1-5-3-5-ساختار آنتی ژن فیمبریه ای یا آنتی ژن F……………………………………………………………………………………………………………………………………9

 

1-6-خصوصیات مورفولوژی…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..10

 

1-6-1-خصوصیات کشت و بیوشیمیایی………………………………………………………………………………………………………………………………………………………11

 

1-6-2-مقاومت……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………12

 

1-6-3-ژنتیک……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….13

 

1-7-بیماری زایی اشرشیا کلی………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….13

 

1-7-1-فاکتورهای حدت………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….14

 

1-7-1-1-کپسول………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..14

 

1-7-1-2-آندوتوکسین………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………14

 

1-7-1-3-پروتئین های اتصالی فیمبریه ای………………………………………………………………………………………………………………………………………………….14

 

1-7-1-4-اگزوتوکسین ها………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..15

 

1-7-2-1-انتروتوکسین ها………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..16

 

1-7-2-2-سیتوتوکسین ها………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..16

 

1-7-2-3-وروتوکسین ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………17

 

1-7-2-4-آلفاهمولیزین ها……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….17

 

1-7-2-5-سیدروفورها……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..17

 

عنوان                                                                                                                                         صفحه

 

 

1-7-3-تغییر فاز آنتی ژنی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………18

 

 

1-7-3-1-سیستم ترشحی نوع III …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..18

 

1-7-3-2-بیماری در انسان…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………18

 

1-7-4-1-پاتوتیپ اشرشیا کلی های پاتوژن روده ای…………………………………………………………………………………………………………………………………19

 

1-7-4-2-پاتوتیپ اشرشیا کلی توکسین زای روده ای(ETEC)………………………………………………………………………………………………………………19

 

1-7-4-3-پاتوتیپ اشرشیا کلی بیماری زای روده ای (EPEC)………………………………………………………………………………………………………………20

 

1-7-4-4-پاتوتیپ اشرشیاکلی انترواگرگتیو(EAggEC)……………………………………………………………………………………………………………………………21

 

1-7-4-5-پاتوتیپ اشرشیا کلی انتروهموراژیک (EHEC)……………………………………………………………………………………………………………………….21

 

1-7-4-6-پاتوتیپاشرشیا کلی انترواینواسیو(EIEC)……………………………………………………………………………………………………………………………………..22

 

1-8-عفونت های اشرشیا کلی های خارج روده ای…………………………………………………………………………………………………………………………………….22

 

1-8-1-1-باکتریولوژی و مننژیت اشرشیا کلی (MAEC)………………………………………………………………………………………………………………………….23

 

1-8-1-2-سپسیس………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..23

 

1-8-1-3-التهاب مثانه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….23

 

1-8-1-4-سپتی سمی…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..24

 

1-8-2-عفونت مجاریادراری(UTI)………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….24

 

1-8-2-1-مقاومت های آنتی بیوتیکی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..25

 

1-8-2-2-مقاومت در اشرشیا کلی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………26

 

1-8-2-3-فیلوژنتیک اشرشیا کلی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..26

 

1-9-عوامل بیماری زایی(ویرولانس در اشرشیا)……………………………………………………………………………………………………………………………………………27

 

1-9-1-ژن aer (آئروباکتین)………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..28

 

1-9-1-2-اتصال دهنده ها (Adhesions)……………………………………………………………………………………………………………………………………………………….29

 

1-9-1-3-مکانیسم بیماری زاییUPEC در ارتباط با افمبریال ادهسین………………………………………………………………………………………………….30

 

1-9-1-5-مکانیسم بیماری زایی UPEC در ارتباط با همولیزین (HlyA)……………………………………………………………………………………………..33

 

1-10-تعاریف واژه ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..34

 

فصل دوم: مروری بر تحقیقات انجام شده

 

2-1- بررسی  تحقیقات انجام شده……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………35

 

فصل سوم: مواد و روش ها

 

 

3-1-نوع مطالعه……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..38

 

3-2-جامعه مورد مطالعه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………38

 

3-3-روش انجام طرح………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….38

 

3-3-1-مواد وتجهیزات……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….38

 

 

 

 

3-3-1-1-دستگاه ها و وسایل مورد نیاز…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..38

 

 

3-3-1-2-مواد مصرفی مورد نیاز………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..41

 

3-3-1-3-محیط های کشت مورد استفاده………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..41

 

3-4-ترکیبات و محلول های مورد استفاده در تحقیق و فرمول ساخت آنها……………………………………………………………………………………………..41

 

3-5-روش اجرا…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………43

 

3-5-1-جمع آوری اطلاعات………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..43

 

3-5-2-انجام امور باکتریولوژیک……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….43

 

3-5-3-نمونه برداری، کشت، جداسازی و تعیین هویت باکتری ها……………………………………………………………………………………………………………43

 

3-5-3-1-نمونه برداری………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….43

 

3-5-3-2-طرز تهییه محیط های کشت………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………43

 

3-5-3-3-نگه داری نمونه های عفونت ادراری………………………………………………………………………………………………………………………………………………45

 

3-5-3-4-نگه داری سویه باکتری………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..45

 

3-5-4-استخراج، تعیین کمیت و کیفیت DNA……………………………………………………………………………………………………………………………………………….46

 

3-5-4-1-استخراج DNA……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..46

 

3-5-4-2-کمیت سنجی و غلظت سنجی DNA استخراج شده…………………………………………………………………………………………………………………..46

 

3-5-5-انجام آزمایشات مولکولی…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………47

 

3-5-5-1-پرایمرها……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………47

 

3-5-5-2-رقیق سازی پرایمرها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….49

 

3-5-6-انجام PCR…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..49

 

3-5-6-1-بهینه سازی اجزاء واکنش PCR………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..50

 

3-5-6-2-بهینه سازی تهیه Master Mix ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….50

 

3-5-7-گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن aer ………………………………………………………………………………………………50

 

3-5-7-1-گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن  HlyA…………………………………………………………………………………..51

 

3-5-7-2- گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن Pap ……………………………………………………………………………………..51

 

3-5-7-3- گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن  Cnf ………………………………………………………………………………… 52

 

3-5-7-4- گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن Afa ………………………………………………………………………………….. 53

 

3-5-7-5-گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژنFim  ………………………………………………………………………………… 53

 

3-6-مراحل انجام PCR …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………54

 

3-6-1-بهینه سازی PCR ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………54

 

3-6-2-بررسی محصول PCR……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….55

 

3-7-مواد مورد نیاز برای انجام الکتروفورز………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..56

 

3-7-1-ژل آگارز………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………56

 

 

 

 

3-7-1-1-طرز تهییه ژل آگارز…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….56

 

 

3-7-1-3-بافر سنگین کننده…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………56

 

3-7-1-4-رنگ آمیزی ژل…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….57

 

3-8-توالی یابی…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………57

 

3-9-1-روش گردآوری اطلاعات……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….57

 

3-9-2-روش تجزیه و تحلیل اطلاعات…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….58

 

فصل چهارم: نتایج و بحث

 

4-1-فراوانی بیماران بر اساس جنس…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..59

 

4-2-نتایج مربوط به فراوانی فاکتورهای حدت در اشرشیا کلی…………………………………………………………………………………………………………………..60

 

4-3-نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن آئروباکتین در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن………………………………………………..61

 

4-3-1-بهینه سازی دمای اتصال………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….61

 

4-3-1-1-انجام آزمون روی سایر ایزوله ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………….62

 

4-3-2-نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن سایتوتوکسیک نکروز دهنده در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن………..64

 

4-3-2-1- بهینه سازی دمای اتصال…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..64

 

4-3-2-2- انجام آزمون روی سایر ایزوله ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..64

 

4-3-3- نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن همولیزین در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن…………………………………………..65

 

4-3-3-1- بهینه سازی دمای اتصال…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..65

 

4-4-4- نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژنP – فیمبریه در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن…………………………………………66

 

4-4-4-1- بهینه سازی دمای اتصال …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..66

 

4-4-4-2- انجام آزمون روی سایر ایزوله ها …………………………………………………………………………………………………………………………………………………..67

 

4-5-5- نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن Afaدر سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن……………………………………………………..68

 

4-5-5-1- بهینه سازی دمای اتصال…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..68

 

4-5-5-2- انجام آزمون روی سایر ایزوله ها …………………………………………………………………………………………………………………………………………………..69

 

4-6-6- نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژنFim  در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن……………………………………………………70

 

4-6-6-1- بهینه سازی دمای اتصال………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….70

 

4-7-ژن های ویرولانس…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………72

 

4-8-نتایج ویرولوتایپینگ سویه ها………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………77

 

4-9-نتایج تایید محصولات PCR ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………79

 

فصل پنجم: نتیجه گیری

 

5-1-بحث………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….91

 

5-2-مقایسه نتایج بدست آمده با یافته های دیگر محققین…………………………………………………………………………………………………………………………..91

 

 

5-3-نتیجه گیری……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….95

 

 

5-4- پیشنهادات………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..95

 

فهرست منابع

 

منابع فارسی………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….96

 

منابع انگلیسی………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………97

 

چکیده انگلیسی………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..102زمون آ

 

 

 

فهرست جدول ها

 

 

 

 

 

 

 

 

عنوان جدول                                                                                                                               صفحه

جدول 1-1: ژن های ویرولانس در اشرشیا کلی و عملکرد ژن ها………………………………………………………………………………………………………………….30     جدول3-1: مشخصات پرایمرهای مورد استفاده…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..48   جدول 3-2: اجزاء و ترکیبات مورد استفاده برای واکنش PCR ……………………………………………………………………………………………………………………..49   جدول 3-3: برنامه دمایی ترموسایکلر برای ژن aer ………………………………………………………………………………………………………………………………………….50   جدول 3-4: برنامه دمایی ترموسایکلر برای ژن HlyA………………………………………………………………………………………………………………………………………51   جدول 3-5:  برنامه دمایی ترموسایکلر برای ژن   Pap  ………………………………………………………………………………………………………………………………. 52   جدول 3-6: برنامه دمایی ترموسایکلر برای ژن   Cnf ……………………………………………………………………………………………………………………………………..52 جدول 3-7: برنامه دمایی ترموسایکلر برای ژن Afa …………………………………………………………………………………………………………………………………………53   جدول 3-8:  برنامه دمایی ترموسایکلر برای ژن Fim………………………………………………………………………………………………………………………………………..54   جدول 4-1: مشخصات ایزوله های اشرشیا کلی جدا شده از بیماران……………………………………………………………………………………………………………73   جدول 4-2: نتایج ویرولوتایپینگ درکل سویه ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………77   جدول4-3: نتایج ویرولوتایپینگ در سویه های اشرشیا کلی، سویه های مشابه در هر ژن……………………………………………………………………….78

 

 

 

فهرست علامت ها و اختصارها

 

 

 

 

 

 

 

 

معادل فارسی                                           معادل انگلیسی                                                 علامت

اشرشیا کلی                                                    Escherichia coli     E.coli                                           واکنش زنجیره ای پلیمراز                              PCR                                           Polymerase chain reaction   عفونت مجاری ادراری Infectios                               UTI                                         Urinary Tract           اشرشیا کلی یوروپاتوژن                        UPEC                                 Uropathogenic Escherichia coli

 

 

 

فهرست شکل ها و تصویر ها

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

عنوان شکل                                                                                                                                  صفحه

شکل1-1: شکل شماتیک از ساختار آنتی ژنی اشرشیا کلی………………………………………………………………………………………………………………………………..10     شکل1-2: شکل شماتیک از نحوه اتصال باکتریE.coli  به سطح سلول های اپیتلیال سطحی بدن………………………………………………………..31   شکل1-3: شکل شماتیک از فاکتورهای ویرولانس در اشرشیا کلی………………………………………………………………………………………………………………..33   شکل1-4: شکل شماتیک از مکانیسم بیماری زاییUPEC ……………………………………………………………………………………………………………………………….34   شکل 3-1: کمیت سنجی و غلظت سنجی DNA ……………………………………………………………………………………………………………………………………………….47   شکل 4-1: گرادیانت دمایی جهت انتخاب دمای منایب برای ژن aer……………………………………………………………………………………………………………62   شکل4-1-1: نتایج PCR به منظور تکثیر ژن aer در سایر ایزوله ها……………………………………………………………………………………………………………….63   شکل4-1-2: نتایج PCR ژن aer در سایر ایزوله ها……………………………………………………………………………………………………………………………………………63   شکل4-2: گرادیانت دمایی جهت انتخاب دمای منایب برای ژن Cnf ………………………………………………………………………………………………………….64   شکل4-2-1: نتایج PCR ژن Cnf در سایر ایزوله ها………………………………………………………………………………………………………………………………………….65   شکل4-3: گرادیانت دمایی جهت انتخاب دمای منایب برای ژن HlyA ……………………………………………………………………………………………………..66   شکل4-4: گرادیانت دمایی جهت انتخاب دمای منایب برای ژنPap……………………………………………………………………………………………………………67   شکل4-4-1: نتایج PCR ژن Pap در سایر ایزوله ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………68   شکل 4-5: گرادیانت دمایی جهت انتخاب دمای منایب برای ژن Afa  ……………………………………………………………………………………………………..69   شکل 4-5-1: نتایج PCR ژن Afa  در سایر ایزوله ها……………………………………………………………………………………………………………………………………..70   شکل4-6: گرادیانت دمایی جهت انتخاب دمای منایب برای ژن Fim………………………………………………………………………………………………………..71   شکل4-7: ژن های ویرولانس در کنار هم. …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………72   شکل4-8-1: نتایج حاصل از سکانسینگ برخی محصولات PCR ژن ویرولانس  aer…………………………………………………………………………..79   شکل4-8-2: نتایج حاصل از سکانسینگ برخی محصولات PCR ژن ویرولانس  HlyA……………………………………………………………………..81

شکل4-8-3: نتایج حاصل از سکانسینگ برخی محصولات PCR ژن ویرولانس  Cnf…………………………………………………………………………83     شکل4-8-4: نتایج حاصل از سکانسینگ برخی محصولات PCR ژن ویرولانس Afa  …………………………………………………………………………86   شکل4-8-5: نتایج حاصل از سکانسینگ برخی محصولات PCR ژن ویرولانس Fim…………………………………………………………………………..88   شکل4-8-6: نتایج حاصل از سکانسینگ برخی محصولات PCR ژن ویرولانسPap…………………………………………………………………………….89

 

 

 

  α آنتی پلاسمین.. 21

 

α ماکروگلوبین.. 21

 

1-12-3) TAF-I)) Thrombin Activable Fibrinogen Inhibitor. 21

 

1-13)سنتز t-PA.. 22

 

1-14)میل الحاقی به فیبرین.. 22

 

1-15)غلظت-فعالیت و نیمه عمر. 22

 

1-16)ساختار دومن ها 23

 

1-17)تاریخچه درمان تجزیه لخته. 24

 

1-18)داروهای تجزیه کننده فیبرین.. 24

 

1-19)طبقه‌بندی داروهای ترومبولیتیک… 24

 

1-20)انواع فعال کننده های  پلاسمینوژن. 25

 

1-20-1) Streptokinase. 27

 

1-20-2) Urokinase. 27

 

1-20-3) Staphylokinase. 28

 

1-20-4) Alteplase. 28

 

1-20-5) Reteplase. 29

 

1-20-6) Tenecteplase. 30

 

1-20-7) Lanoteplase. 30

 

1-21) Truncated t-PA.. 30

 

1-20-8) میزبان های رایج در تولید پروتئین های نوترکیب… 32

 

1-21)انتخاب رده سلولی مناسب… 33

 

1-22)رده های  سلولی رایج  در بیان پروتئین های نوترکیب… 34

 

1-23)مزایای CHO.. 34

 

1-24)روش های بیان ژن. 34

 

1-24-1)سیستم بیان پایدار ژن Transient Gene Expression)) 34

 

1-24-2)سیستم بیان موقت ژن Transient gene expression)) 34

 

1-25)روش های انتقال ژن به سلول های پستانداران. 36

 

1-25-1)روشهای انتقال ژن غیر ویروسی.. 36

 

1-26)فاکتور های دخیل در کشت سلول های نوترکیب… 37

 

1-27)انواع سلول ها از نظر نحوه کشت… 37

 

1-27-1)سلول های غیر وابسته به بستر. 37

 

1-27-2)سلول‌های وابسته به بستر. 38

 

1-28) کشت معلق.. 38

 

1-29)انتخاب محیط کشت مناسب و شرایط محیط کشت… 39

 

1-30)بهینه سازی شرایط کشت سلول. 39

 

1-31)متابولیسم سلولی و تولید متابولیت های سلولی.. 39

 

1-31-1)نقش گلوکز در محیط کشت… 40

 

1-32)عناصر تشکیل دهنده محیط کشت… 41

 

1-32-1)عناصر ماکرو. 42

 

1-32-2)عناصر میکرو. 42

 

1-32-3)نقش عناصر میکرو در محیط کشت… 42

 

1-32-4)ویتامین ها  43

 

1-32-5) Pluronic acid. 43

 

1-33)نقش گلوتامین در محیط کشت… 44

 

مواد و روش ها 46

 

2-1)دستگاه های مورد نیاز. 47

 

2-2) میکروارگانیسم ها و سلول های مورد استفاده 47

 

2-3)لیست کامل مواد استفاده شده 48

 

2-4) لیست کامل وسایل مورد استفاده 50

 

2-5) شرایط لازم جهت انجام کشت سلول rCHO DG44. 50

 

2-5-1)محیط های کشت جهت فرایند بهینه سازی.. 51

 

2-5-1-1)تهیه محیط کشت BRC.. 51

 

2-5-1-2)ذخیره سازی سلول ها و محیط های کشت… 51

 

 

2-6)آماده سازی سلول هایrCHO DG44. 52

 

2-7) دفریز نمودن سلولهایrCHO DG44. 52

 

2-8) انکوباسیون سلول هایrCHO DG44. 53

 

2-8-1)انكوباتور دی اكسید كربن.. 53

 

2-8-2)دمای انکوباتور جهت کشت سلول rCHO DG44. 53

 

انکوباتور جهت کشت سلول rCHO DG44. 54

 

2-8-4) رطوبت انکوباتور جهت کشت سلول rCHO DG44. 54

 

2-9) استریلیزاسیون انکوباتور. 54

 

2-10)  آنتی بیوتیک ها و آنتی مایکوتیک ها 55

 

2-10-1) میزان مصرف آنتی بیوتیک… 55

 

2-11) کشت سلول های rCHO DG44. 56

 

2-12)ارزیابی وضعیت محیط کشت از نظر pH.. 56

 

2-13) شمارش سلول های rCHO DG44. 57

 

2-13-1)اصول شمارش سلول. 57

 

2-13-2)تعیین درصد سلول های زنده Viability)) 59

 

2-13-3) انجماد سلولها و ذخیره سازی آنها  Cell Freezing)) 59

 

2-14)ترانسفکشن سلول rCHO DG44. 60

 

2-14-1)پلاسمید حاوی ژن. 60

 

2-14-2)تهیه DNA‌ 60

 

2-14-3)کشت سلول. 61

 

2-15)بهینه سازی فرایند TGE. 61

 

2-15-1)ترانسفکشن به روش PEI 61

 

2-15-2)بررسی میزان بهینه دانسیته سلولی جهت انجام TGE. 61

 

2-15-3)بررسی میزان بهینه DNA جهت انجام TGE. 62

 

2-15-4)اندازه گیری میزان درصد ترانسفکشن.. 62

 

2-15-4-1)اندازه گیری GFP به روش فلوسایتومتری.. 62

 

2-16)افزودن  غلظت های متفاوت پپتون های گیاهی به محیط های کشت… 62

 

2-16-1) تعیین پروفایل رشد. 70

 

2-16-2)تعیین پروفایل بیان به روش  Elisa. 70

 

2-16-2) بررسی تغییرات رفتار متابولیک سلول ها 72

 

نتایج.. 76

 

3-1)ترانسفکشن سلول های rCHO DG44 به روش TGE. 76

 

3-1-1)بررسی میزان بهینه PEI جهت انجام TGE. 76

 

3-1-2)بررسی میزان بهینه دانسیته سلولی جهت انجام TGE. 83

 

3-1-3)بررسی میزان بهینه  DNAجهت انجام TGE. 96

 

3-2)تعیین الگوی رشد سلول های CH0 DG44 در محیط های کشت  ProCHO 5,CD DG44و BRC.. 109

 

3-3)غلظت پپتون ها وابسته به نوع محیط کشت… 110

 

3-4)بررسی تغییرات متابولیکی در سلول های CHO DG44 تولید کننده t-PA.. 115

 

3-4-1)بررسی تغییرات متابولیکی در محیط ProCHO 5. 115

 

3-4-2)تغییرات متابولیکی در محیط CD DG44. 117

 

3-4-3)  بررسی تغییرات متابولیکی در محیط BRC CD.. 118

 

3-5)بررسی تاثیر پپتون ها بر میزان بیان پروتئین نوترکیب… 119

 

3-6)بررسی تاثیر  استراتژی تغذیه با پپتون های گیاهی در بهینه سازی TGE. 121

 

بحث و نتیجه گیری نهایی.. 129

 

منابع. 133

 

اختصارات… 136

 

Optimization of recombinant protein production in TGE system… 137

 

Abstract 137

 

 

 

چکیده

 

بیماری عروق کرونر قلب یکی از شایع ترین بیماری ها در سطح جهان به خصوص کشور های صنعتی می باشد.

 

فعال‌کننده پلاسمینوژن بافتی (t-PA( Tissue Plasminogen Activator، یک پپتید طبیعی است که با اتصال به فیبرین موجود در لخته و تبدیل پلاسمینوژن به پلاسمین باعث شکسته شدن فیبرین، فیبرینوژن و سایر پروتئین‌های انعقادی شده و  با رفع انسداد باعث به حداقل رساندن آسیب بافتی و در نهایت نجات بیمار می‌شود. پروتئین مورد بررسی در این مطالعه فرم کوتاه شده موتانت از داروی t-PA باخواص فارماکولوژیک بهینه می باشد که در میزبان بیانی CHO(Chinese Hamster Ovary) با هدف تغییرات پس ترجمه ای مناسب و مشابه فرم طبیعی بیان می شود.

 

بیان موقت پروتئین(Transient Gene Expression) TGE روش رایجی برای بیان پروتئین های نو ترکیب در بازه زمانی کوتاه و در مقیاس مناسب جهت انجام تست های پیش بالینی Preclinical)) می باشد.در این مطالعه از این روش و بهینه سازی آن برای تولید پروتئین نوترکیب t-PA استفاده شد و مقادیر بهینه شده برای میزان cell  DNA10⁶/µg2 وبرای عامل انتقال ژن Transfection reagent)) cell  10⁶/µg5/1 و میزان سلول مورد استفاده 10⁵×5 سلول معین گردید.همچنین با دیدگاه Scale-up در بیوپروسه و اثر استراتژی های تغذیه ای با عوامل پپتونی مختلف بر میزان بیان و رشد پروتئین و تغییر رفتار متابولیک آن بررسی گردید.به منظور بهینه سازی بیان فعال‌کننده پلاسمینوژن بافتی (t-PA)در سلول CHO  در این فرایند از 6 پپتون با منشا گیاهی(Soy,Casein) مختلف استفاده گردید .آنالیز نتایج نشان داد که چگونگی تاثیر پپتون ها بر روی بیان ژن مورد نظر در سلول CHO در تعدادی از پپتون ها از الگوی خاصی تبعیت می کند.در برخی موارد اثر مثبت و در موارد خاصی تاثیر منفی داشته است , که احتمالا این تاثیرات ناشی از ماهیت ترکیب آمینو اسیدی پپتون های به کار رفته می باشد. همچنین استفاده از این ترکیبات پپتونی در محیط کشت سلول ترانسفکت شده علاوه بر افزایش بیان پروتئین  می تواند سبب کاهش تولید متابولیت های نامطلوب نیز شود.

 

1-7- 1- شهر. 101

 

1-7-2- عدالت اجتماعی 10

 

1-7-3- فضا 12

 

1-7-4- توزیع فضایی 13

 

1-7-5- توزیع خدمات شهری.. 15

 

1-7-6- خدمات اجتماعی.. 15

 

1-7-7- نابرابری 13

 

 

2. فصل دوم. 17

 

2-1- مفهوم عدالت در فضا 18

 

2-2- مفهوم عدالت اجتماعی در فضا 21

 

2-3- ابعاد عدالت اجتماعی.. 22

 

2-3-1- برابری و مساوات.. 22

 

2-3-2- قانونمندی.. 23

 

2-3-3- اعطای حقوق. 23

 

2-3-4- توازن. 24

 

2-4- تئوری های عدالت اجتماعی.. 24

 

2-4-1- عدالت اجتماعی و عقلانیت.. 24

 

2-4-2- عدالت اجتماعی و عدالت معنوی.. 25

 

2-4-3- مطلق بودن عدالت اجتماعی.. 25

 

2-4-4- عدالت اجتماعی و رفاه عمومی.. 26

 

2-5- عدالت فضایی و عدالت جغرافیایی.. 27

 

2-6- عدالت اجتماعی از نظر مكاتب و دیدگاههای مختلف.. 30

 

2-6-1- مفهوم عدالت از دیدگاه اسلام. 30

 

2-6-2- سوسیالیسم و عدالت اجتماعی.. 33

 

2-6-3- عدالت اجتماعی از دیدگاه لیبرالیسم. 35

 

2-6-3-1- بررسی نظریات تئوری پردازان لیبرالیسم کلاسیک… 37

 

2-6-3-2بررسی نظریات تئوری پردازان لیبرالیسم نو. 39

 

2-6-3-3نظریات مربوط به اندیشمندان میانه. 40

 

2-6-3- 3- 1 جان راولز. 47

 

2-6-3-3 – 2آنتونی کیدنز. 40

 

2-7- عدالت در فضا 42

 

2-8-معیارهای عدالت فضایی.. 45

 

2-9- عدالت اجتماعی و مدیریت شهری.. 46

 

2-10عدالت فضایی در شهر…………………………………………………………………………………. 47

 

2-11- نظریه توسعه پایدار شهری.. 50

 

2-12-توسعه پایدار وعدالت فضایی در شهر. 52

 

2-13-توسعه پایدار و عدالت اجتماعی.. 54

 

2-14- جمعبندی.. 56

 

فصل سوم معرفی محدوده تحقیق و روش شناسی تحقیق.. 58

 

3-1- تحلیل فضایی استان فارس… 59

 

3-2-موقعیت جغرافیایی شهر فیروزآباد. 59

 

3-3- مطالعات طبیعی و جغرافیایی.. 59

 

3-3-1زمین شناسی.. 61

 

3-3-2- ریخت شناسی.. 61

 

3-3-3تشکیلات زمین شناسی منطقه. 61

 

3-3-4 چینه شناسی.. 63

 

3-3-5- گسل های موجود درمنطقه. 66

 

3-3-6- زلزله. 67

 

3-3-7 هیدرولوژی.. 69

 

3-3-8آبهای سطحی.. 70

 

3-3-8-1 رودخانه تنگاب و فیروزآباد. 70

 

3-3-8-2 آبهای زیر زمینی.. 73

 

 

3-3-9-1 چاه 73

 

3-3-9-2قنات.. 73

 

3-3-9-3 چشمه سار 74

 

3-3-10 آب و هوا 74

 

3-3-10-1 دمای هوا 76

 

3-3-10-2 بارندگی.. 77

 

3-3-10-3رطوبت هوا 77

 

3-3-10-4باد. 78

 

3-3-10-5ساعات آفتابی و تعداد روزهای یخبندان. 79

 

3-3-11 توپوگرافی.. 80

 

3-3-11-1 ارتفاعات.. 80

 

3-3-11-2 تپه ها 81

 

3-3-11-3دشت.. 81

 

3-3-11-4 شیب.. 82

 

3-3-12خاک شناسی و قابلیت اراضی.. 82

 

3-3-13پوشش گیاهی.. 85

 

3-14مطالعات انسانی.. 86

 

3-14-1 خلاصه ای از وضعیت عمومی شهرستان فیروزآباد. 86

 

3-14-2پیشینه تاریخی.. 87

 

3-14-3 جمعیت.. 90

 

3-14-3-1 جمعیت شهر فیروزآباد. 90

 

3-14-3-2 نسبت جنسی.. 92

 

3-14-3-3 نرخ رشد جمعیت.. 93

 

3-14-3-4 پیش بینی شهر فیروزآباد. 95

 

3-14-3-5 مهاجرت 97

 

3-14-4 اشتغال و فعالیت.. 98

 

3-15روش تحقیق.. 101

 

3-15-1 محدوده های تحقیق.. 103

 

3-15-2 اهداف تحقیق.. 103

 

3-15-3 فرضیات تحقیق.. 103

 

16-3 جمعبندی.. 103

 

– فصل چهارم یافته های پژوهش و بحث.. 106

 

4-1 نظام تقسیمات اداری – کالبدی شهر. 141

 

4-1-1-ناحیه بندی.. 144

 

4-1-1-1 عوامل موثر در ناحیه بندی.. 108

 

4-1-1-2 اهداف ناحیه بندی………………………………………………………………………………………………………………………..108

 

4-1-1-3 امتیازات در ناحیه بندی.. 109

 

4-1-1-4 ناحیه بندی و عدالت اجتماعی.. 110

 

4-1-2-تعیین محدوده محله. 110

 

4-2 تقسمات کالبدی شهر فیروزآباد. 111

 

4-3 توزیع فضایی جمعیت بر اساس ضریب آنتروپی.. 112

 

4-4-نحوه توزیع خدمات محله ای در شهر فیروزاباد. 115

 

5-4امکانات و خدمات شهری مورد مطالعه…………………………………………………………………………………………………….115

 

4-5-1 امکانات آموزشی…………………………………………………………………………………………………………………………………116

 

4-5-2 خدمات تاریخی- جهانگردی و مذهبی……………………………………………………………………………………………….116

 

4-5-3 خدمات تولیدی-صنعتی و تجاری………………………………………………………………………………………………………117

 

4-5-4پارک و فضای سبز شهری……………………………………………………………………………………………………………………117

 

4-5-5 خدمات بهداشتی – درمانی…………………………………………………………………………………………………………………118

 

4-5-6فضاهای ورزشی و تفریحی…………………………………………………………………………………………………………………..118

 

4-5–7 خدمات نیروی انتظامی…………………………………………………………………………………………………………………….119

 

4-5-8تاسیسات و تجهیزات شهری………………………………………………………………………………………………………………..119

 

4-6 توزیع فضایی خدمات شهری در شهر فیروزاباد……………………………………………………………………………………….119

 

4-6-1دسترسی به امکانات آموزشی………………………………………………………………………………………………………………119

 

4-6-2 دسترسی به خدمات تاریخی- جهانگردی و مذهبی………………………………………………………………………….120

 

4-6-3دسترسی به خدمات اداری – انتظامی………………………………………………………………………………………………….122

 

4-6-4دسترسی به فضای سبز………………………………………………………………………………………………………………………..122

 

4-6-5دسترسی به خدمات بهداشتی – درمانی……………………………………………………………………………………………..123

 

4-6-6دسترسی به فضاهای ورزشی – تفریحی………………………………………………………………………………………………123

 

4-6-7دسترسی به تاسیسات و تجهیزات شهری…………………………………………………………………………………………..123

 

4-7 رتبه بندی محلات شهر فیروزآباد………………………………………………………………………………………………………….126

 

4-7-1 جمع بندی واحد های خدماتی………………………………………………………………………………………………………….126

 

4-7-2 مدل استاندارد سازی داده های مختلف الجنس………………………………………………………………………………..127

 

4-8 سطح بندی محلات بر اساس چگونگی توزیع خدمات شهری………………………………………………………………..130

 

4-8-1 مدل ضریب همبستگی اسپیرمن……………………………………………………………………………………………………….134

 

4-9 اولویت بندی محلات به لحاظ تعادل بین توزیع جمعیت و خدمات …………………………………………………….135

 

فصل پنجم آزمون فرضیات ، نتیجه گیری و پیشنهادات…………………………………………………………………………………137

 

5-1مقدمه………………………………………………………………………………………………………………………………………….138

 

5-2آزمون فرضیات………………………………………………………………………………………………………………………………………….138

 

5-2-1آزمونفرضیه اول…………………………………………………………………………………………………………………………………..138

 

5-2-2آزمون فرضیه دوم………………………………………………………………………………………………………………………………139

 

5-3جمع بندی و نتیجه گیری………………………………………………………………………………………………………………………140

 

5-4پیشنهادات…………………………………………………………………………………………………………………………………143

 

5-4-1 پیشنهادات برای پژوهشهای آتی……………………………………………………………………………………………………….148

 

منابع و ماخذ………………………………………………………………………………………………………………………………….150

 

1-1- مقدمه

 

به رغم اینکه وجود نابرابری در استاندارد زیست در بین ساکنین یک شهر پدیده جدیدی در هیچ یک از شهرهای جهان نیست اما در کشورهای کمتر توسعه‌یافته به دلیل فاحش تر بودن تفاوت‌های اجتماعی – اقتصادی و پیدایش سکونتگاه‌های زیر استاندارد و گسترش خوش‌نشینی، تفاوت‌های فضایی شهرها تشدید شده است(عبدی دانشپور، 1378: 37). سکونت اقشار کم درآمد در مکان‌هایی که جاذب سایر گروه‌ها اجتماعی نیست، به تمرکز فقر می‌انجامد و این فرآیند به جدایی گزینی طبقه کم درآمد از سایر گروه‌های اجتماعی منجرمی شود(شاه حسینی،1384: 185).

 

بنیاد اسلام بر پایه عدالت استوار است چرا که عدل یکی از اصول دین و یکی از اصل دو مذهب می‌باشد (مطهری، 1360: 6). عدالت که خود نتیجه تکامل اجتماعی است (قربان نیا، 1380: 21)، به دو دسته الهی و غیر الهی و عدالت غیر الهی نیز به عدالت فردی و اجتماعی تقسیم می‌گردد. عدالت اجتماعی عبارت است از احترام به حقوق دیگران و رعایت مصالح عمومی (اخوان کاظمی،1381: 23). در ماده اول اعلامیه جهانی حقوق بشر آمده است که تمام افراد بشر از لحاظ حیثیت و حقوق باهم برابرند. در اصل سوم قانون اساسی نیز یکی از اساسی‌ترین اهداف دولت، رفع تبعیضات ناروا و ایجاد امکانات عادلانه می‌باشد (قربان نیا، 1380: 227-281) از این رو دولت‌ها و دستگاه برنامه‌ریزی وظیفه سنگینی در خصوص ایجاد عدالت اجتماعی و اقتصادی به عهده دارند.

 

   اشاعه قابل‌توجهی از ثروت مادی، و از سوی دیگر اقلیت‌هایی که در فقر زندگی می‌کنند، از ناکامی‌های خط مشی شهری قلمداد می‌شوند (هال، 1387: 311) البته در زمینه شهری دسترسی برابر به نیازهای اولیه از تأمین آن مهم‌تر است (پاتر و دیگران، 1384: 147).

 

 

 

چکیده

 

 

1

 

 

 

                                                 فصل اول: مقدمه                                            2

 

 

 

1-1تیره گاو زبان (Boraginaceae)

 

 

3

 

 

 

                                            فصل دوم : مرور بر منابع                                       5

 

 

 

2-1موقعیت تاکسونومیکی تیره Boraginaceae

 

 

6

 

 

 

2-1-1ویژگی های قبیله Cynoglosseae

 

 

9

 

 

 

2-1-2ویژگی کلی جنس Rindera

 

 

9

 

 

 

2-2ترکیبات اسیدهای چرب

 

 

22

 

 

 

2-3فیزیولوژی

 

 

22

 

 

 

2-4میکرومورفولوژی

 

 

23

 

 

 

2-5بررسی کروموزومی Boraginaceae s.str

 

 

23

 

 

 

2-6بررسی گرده شناسی Boraginaceae s.str

 

 

25

 

 

 

2-7تقسیمات تاکسونومیکی زیر تیره Boraginoideae (Boraginaceae s.str)

 

 

26

 

 

 

2-8مطالعات مولکولی DNA

 

 

27

 

 

 

2-9تولید مثل و گرده افشانی

 

 

27

 

 

 

2-10مطالعات پیشین تیره Boraginaceae s.str:

 

 

28

 

 

 

 

2-11اختصاصات بیوشیمیایی و شیمیایی تیره

 

 

29

 

 

 

2-12کاربرد اقتصادی تیره

 

 

29

 

 

 

2-13مصارف اقتصادی و دارویی

 

 

30

 

 

 

2-14 برخی از توالی های ژنی مورد استفاده در سیستماتیک مولکولی

 

 

31

 

 

 

2-14-1 توالی های DNA هسته­ای

 

 

31

 

 

 

2-15 PCR اساس مارکرها

 

 

32

 

 

 

2-15-1 اجزای واكنش زنجیره‌ای پلیمراز(PCR)

 

 

33

 

 

 

2-15-2آغازگر

 

 

33

 

 

 

2-15-3 آنزیم

 

 

34

 

 

 

2-15-4الگو

 

 

34

 

 

فهرست مطالب

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

عنوان	صفحه
2-15-5 دزاكسی ریبونوكلئوزید تری‌فسفات‌ها	34
2-15-6كلرید منیزیم	34
2-15-7 بافر	35
2-15-8 مراحل تكثیر	35
2-16 درخت فیلوژنتیک	35
فصل سوم: مواد و روش ها                                   37
3-1مطالعه منابع	38
3-2مطالعه هر بار یومی	38
3-3استفاده از DNA در سیستماتیک مولکولی	38
3-4بررسی روابط فیلوژنی بر اساس صفات مولکولی	40
3-4-1استخراج DNAاز برگ	40
3-4-2تکثیر قطعات مورد نظر با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمر از	42
3-4-3الکتروفورزژل آگارز	43
3-4-4تعیین توالی مناطق تکثیر شده	45
3-5آنالیز فیلوژنی	45
3-5-1روش ماکزیمم پارسیمونی	46
3-5-2روش Bayesian	46
3-5-3مقایسه دو روش آنالیزی ماکزیمم پارسیمونی و Bayesian	47
فصل چهارم: بحث و نتیجه گیری                                 49
4-1 انالیز ماکزیمم پارسیمونی	50
4-2 انالیز Bayesian	52
4-3 فیلوژنی قبیله Cynoglosseae	54
4-4 روابط فیلوژنی جنس Rindera	55
منابع	61

 

 

 

فهرست شکل ها

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

عنوان	صفحه
شکل 1-1	7
شکل 1-2	8
شکل 1-3	25
شکل 1-4	28
شکل 1-5	39
شکل 1-6	44
شکل 1-7	44
شکل 1-8	45
شکل 1-9	45
شکل1-10	51
شکل1-11	53

 

 

 

فهرست جداول

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

عنوان	صفحه
جدول 1-1 گزارش عدد پایه کروموزومی تعدادی از گونه های Boraginaceae در ایران	24
جدول 1-2 مقایسه دریچه دانه گرده بین قبیله های Boraginaceae s.str	26
جدول 1-3 تاکسون های مورد استفاده برای تکثیر قطعه – جدول nrDNA ITS	40
جدول 1-4 توالی آغازگر های مورد استفاده برای تکثیر قطعه – جدولnrDNA ITS	42
جدول1-5 ترکیبات مورد استفاده برای مخلوط کلیpcr	42
جدول 1-6 برنامه مورد استفاده برای واکنش PCR قطعه ITS nrDNA	43

 

 

 

 چکیده

 

تیره گاوزبان دارای 100 جنس و 1600 گونه بوده و دارای پراکنش جهانی می باشد. این تیره هم اکنون در گروه EuasteridsI واقع شده ودر بین راسته های این گروه جایگاهی ندارد. از مهمترین قبیله های تیره

 

 

4. str Boraginaceae در ایران، می توان قبیله هایBoragineae, Lithospermeae, Cynoglosseae, Echiochileae, Echieae, را نام برد در تحقیق حاضر 5گونه با استفاده از توالی nrDNAITS، به روش بیشنه صرفه جویی (mp: Parsimony Maximum) تعبیه شده در نرم افزار PAUP*4.0b10 و همچنین با روش Bayesian با نرم افزارVersion3.12 Mr Bayes آنالیز شدند. توالی همردیف سازی شده nrDNAITS دارای 658 جایگاه نوکلئوتیدی می باشد. که از این توالی ITS نشان داد جایگاه 146 جایگاه برای توالی nrDNAITS اطلاعاتی می باشد آنالیز انجام شده بر اساس داده های توالی ITS نشان داد،، قبیله Cynoglosseae تک تبار نمی باشداز این قبیله 5 گونه از جنس Rinderaو 3 گونه از جنس Cynoglossum آنالیز شدند و دو گونه از قبیله Lithospermeae مورد آنالیز قرار گرفتند .