دانلود پایان نامه ارشد: بررسی تنوع ژنتیکی اقوام ایرانی با استفاده از STR |
1-3-3-2-4-1 تفاوت طول قطعههای قابل تکثیر(ALP)………………………. 15
1-3-3-2-4-2 ریزماهوارهها………………………………………….. 15
1-4 فراوانی، توزیع و سازماندهی ریزماهوارهها در داخل ژنوم……………… 16
1-5 مکانیسم ایجاد تنوع در طول توالیهای تکراری……………………………. 16
1-5-1 کراسینگاور نابرابر…………………………………………… 17
1-5-2 عدم جفت شدن ناشی از سرخوردنDNA در طول رشته (خطاهای همانندسازی)…….17
1-6 دامنه تنوع واحدهای تکرارشونده………………………………………….. 19
1-6-1 مدل جهش گام به گام…………………………………………… 19
1-6-2 مدل آللی نامحدود…………………………………………… 19
1-7 مارکرهای STR…………………………………………….
1-8 کاربرد مارکرهای STR…………………………………………….
1-8-1 مطالعات شجرهای و روابط فامیلی……………………………………………. 20
1-8-2 شناسایی هویت قربانیان حوادث……………………………………………. 21
1-8-3 تعیین هویت در موارد جنایی……………………………………………. 22
1-8-3-1 شناسایی افراد مجهول الهویه…………………………………………… 22
1-8-3-2 ردیابی مجرمین……………………………………………. 22
1-8-4 ردیابی تاریخ بشر و مطالعات جمعیتی……………………………………. 23
1-9 سایر کاربردهای مارکرهای STR…………………………………………….
1-9-1 جمعآوری سلولهای جنینی از خون مادر……………………………… 25
1-9-2 نقشهی ژنوم بیماریها………………………………………….. 26
1-9-3 تعیین هویت افراد استفاده کننده از سرنگ مشترک………………………. 26
1-9-4 تشخیص کلونهای موفق……………………………………………. 26
1-9-5 بررسی و نظارت روی پیوند عضو…………………………………………… 26
1-9-6 تشخیص کایمرهای ژنتیکی……………………………………………. 26
1-9-7 مشخص نمودن خطوط سلولی……………………………………………. 27
1-9-8 تشخیص تومورهای سرطانی……………………………………………. 27
1-10 روشهای کلی شناسایی هویت افراد در سطح مولکولی……………………. 27
1-10-1 روش انگشتنگاری ژنتیکی از طریق هیبریدکردن با DNA جستجوگر………. 27
1-10-1-1 محدودیتهای روش انگشتنگاری……………………………………………. 29
1-10-2 روش پروفایلینگ…………………………………………….. 29
1-11 تاریخچه استفاده از مارکرهایSTR…………………………………………….
1-12 CODIS چیست؟…………………………………………… 31
1-13 کیت مورد استفاده در تعیین هویت……………………………………………. 32
1-14 معرفی استانها………………………………………….. 34
1-14-1 استان کرمانشاه………………………………………….. 34
1-14-1-1 موقعیت جغرافیایی……………………………………………. 34
1-14-2 استان یَزد…………………………………………… 35
1-14-2-1 موقعیت جغرافیایی……………………………………………. 36
1-15 هدف از تحقیق………………………………………….. 37
فصل دوم…………………………………………… 38
2-1 نمونهگیری……………………………………………. 39
2-2 استخراج DNA به روش نمک اشباع…………………………………………… 39
2-3 آمادهسازی نمونهها جهت انجام تست DNA Typing…………………………..
۲-3-1 رسوبگذاری با اتانول…………………………………………… 41
2-3-2 تعیین غلظت نمونههای DNA توسط دستگاه Nanodrop……………………
2-3-3 تهیهی Working Stoke……………………………………………
2-4 تست DNA Typing……………………………………………
2-4-1 Multiplex PCR…………………………………………….
2-5 مواد و تجهیزات مورد نیاز در DNA Typing…………………………………..
2-5-1 آزمایش DNA Typing……………………………………………
2-5-2 جداسازی قطعات……………………………………………. 45
2-5-2-1 تجهیزات لازم…………………………………………… 45
2-5-2-2 آمادهسازی دستگاه جهت جداسازی قطعات………………….. 46
2-5-2-3 روش جداسازی قطعات……………………………………………. 46
2-6 آنالیز دادهها………………………………………….. 47
3-1 نمونه ها………………………………………….. 53
3-2 پروفایل ژنتیکی……………………………………………. 53
3-2 نتایج حاصل از آنالیز نمونه ها …………………………………………..55
3-3 نتایج حاصل از آنالیز نمونههای کرمانشاه…………………………………. 56
3-4 نتایج حاصل از آنالیز نمونههای یزد…………………………………………… 60
فصل چهارم…………………………………………… 65
4-1 بحث……………………………………………. 66
4-2 نتیجه گیری……………………………………………. 73
4-3 پیشنهادات……………………………………………. 73
منابع انگلیسی……………………………………………. 74
منابع فارسی……………………………………………75
چکیده:
بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیتها با استفاده ار تعیین فراوانی آللی و پارامترهای ژنتیکی روش نوینی است که در سالهای گذشته در بسیاری از جمعیتهای جهان صورت گرفته و با استفاده از آن شباهت بسیاری از جمعیتها به یکدیگر مشخص گردیده. شباهت جمعیتها نشاندهندهی همسانبودن خزانهی ژنتیکی آنها و احتمالا یکسانبودن آن جمعیتها در گذشته است. پس این احتمال وجود دارد که این جمعیتها در گذشته یک جمعیت بوده باشند و بعدها به دلایل جغرافیایی و یا مهاجرتها از یکدیگر جدا شده باشند. یکی از راههای بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیتها استفاده از توالیهای کوتاه تکراری میباشد .هدف این مطالعه بررسی تنوع ژنتیکی در دو قوم یزد و کرد (کرمانشاه) از ایران بود. بدین منظور پروفایل ژنتیکی پنجاه فرد غیرخویشاوند از هر یک از جمعیتهای کرمانشاه و یزد با استفاده از کیت ABIتهیه شد. این کیت حاوی پانزده جایگاه D8S1179،D21S11 ، D7S820،CSF ،D3S1358 ،TH01 ، D13S317، D16S539،D2S1338 ، D19S433، VWA، TPOX،D18S51 ، D5S818،FGA ،VWA ، TPOX و TH01 و ژن آمیلوژنین (برای تعیین جنسیت افراد) میباشد. نتایج نشاندادند که به جز دو جایگاه D7S820 وD19S433 در جمعیت کرمانشاه و سه جایگاه D21S11 ,D19S433 و VWA در یزد سایر جایگاهها در تعادل هاردیواینبرگ بودند. همچنین پارامترهای پزشکیقانونی شامل PIC,PD,PE,MP در این مطالعه بررسی شدند. سپس دو جمعیت با جمعیتهای کشورهای همسایه مقایسه شدند. این مطالعه نشان داد که این جایگاهها، جایگاههای مناسب برای استفاده در تستهای تعیین هویت و مطالعات جمعیتی میباشند. در نتیجهی مقایسات هم دیده شد که هر دو جمعیت یزد و کرمانشاه شباهت زیادی به جمعیت کشور ترکیه داشتند ولی با سایر کشورها متفاوت بودند. از طرفی یزد نسبت به کرمانشاه دارای جمعیت همگنتری بود که این مسئله میتواند بهعلت بکر بودن این جمعیت در طول سالیان مختلف باشد.
فصل اول: مقدمه
1-1- مقدمه
درگذشته مطالعهی تکامل و مهاجرتها از طریق کشف و بررسی بقایای اسکلتی و فسیلها انجام میشد. اما از حدود سه دههی پیش، باستانشناسان و زیستشناسان با بهکارگیری آنالیزهای DNA موفق به کشفهای بسیار دقیقی شدند که کمک فراوانی به ردیابی تاریخ مهاجرت بشر و تکامل انسانها نموده است. یکی از پرکاربردترین راههای آنالیز DNA، بررسی نشانگرهای[1] ژنتیکی افراد است، که از مهمترین آنها میتوان به توالیهای کوتاه تکراری[2] موسوم به STR اشاره کرد. STRها، توالیهایی به طول یک تا سیزده نوکلئوتید هستند که در ژنوم موجودات در نواحی غیرکدکننده موجود میباشند. هر فرد توالیهای منحصر به فردی دارد و هیچ دو نفری در جهان نیستند که توالیهای یکسانی داشته باشند. به همین دلیل ازSTR ها میتوان در مطالعات جمعیتی و بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیتها سود جست [1].
علاوه بر مطالعات جمعیتی ازSTR ها میتوان در موارد تعیین هویت، تعیین ابویت، تستهای پزشکیقانونی و سایر موارد استفاده کرد. به طور معمول STRهایی که برای تعیین هویت و مطالعات ژنتیکی جمعیت بهکار میروند، یکسان هستند و شامل پانزده جایگاه به نامهای D8S1179،D21S11 ، D7S820،CSF ،D3S1358 ،TH01 ، D13S317، D16S539،D2S1338 ، D19S433، VWA، TPOX،D18S51 ، D5S818،FGA ،VWA ، TPOXو TH01 میباشند [1].
همچنین از روش مشترکی موسوم به تعیین الگوی DNA در این زمینهها استفاده میشود. هر فرد دارای الگوی DNA منحصر به فرد است که تا پایان عمر تغییر نخواهد کرد. محققان دریافتند که افراد یک جمعیت در الگوهای ژنتیکی خود دارای تشابهاتی هستند که منحصر به همان جمعیت است و با الگوی افراد جمعیتهای دیگر متفاوت است. از این تفاوتها میتوان برای ردیابی تاریخ مهاجرت و تکامل انسانها استفاده نمود (1).
2-1- نشانگر چیست؟
صفاتی را که میتوانند به عنوان نشانهای برای شناسایی افراد حامل آن صفت مورد استفاده قرار گیرند، نشانگر مینامند. مندل نخستین کسی بود که از نشانگرهای ظاهری برای مطالعه چگونگی توارث صفات در نخودفرنگی استفاده کرد. اما گاهی صفات به سادگی و با چشم غیر مسلح قابل مشاهده نیستند، مانند گروه خونی. برای مشاهده چنین صفاتی باید آزمایشهای خاصی صورت گیرد. به طور کلی هر صفتی که بین افراد متفاوت باشد، ناشی از تفاوت موجود میان محتوای ژنوم آنها میباشد. حتی بروز صفات به صورت متفاوت در میان افراد (در شرایط محیطی یکسان)، به علت تفاوت در ژنوم آنها است. این تفاوتها میتوانند به عنوان نشانه یا نشانگر ژنتیک به کار گرفته شوند. به طور کلی برای آنکه صفتی به عنوان نشانگر ژنتیک مورد استفاده قرار گیرد، باید دست کم دو ویژگی داشته باشد:
1-در بین دو فرد متفاوت باشد (چند شکلی)
2-به توارث برسد (2).
3-1- انواع نشانگرهای ژنتیکی
نشانگرهای ژنتیکی عبارتند از:
1-نشانگرهای مورفولوژیک
2-نشانگرهای پروتئینی
3-نشانگرهای مولکولی در سطح DNA و RNA
1-3-1- نشانگرهای مورفولوژیک
کاربرد نشانگرهای مورفولوژیک به دهها سال پیش از کشف DNA مربوط میشود. نشانگرهای مورفولوژیکی که پیامد جهشهای قابل رویت در مورفولوژی هسته، از ابتدای این سده مورد استفاده قرار گرفتند. صفات مورفولوژیکی که عمدتا توسط یک ژن کنترل میشوند، میتوانند به عنوان نشانگر مورد استفاده قرار گیرند. این نشانگرها شامل دامنه وسیعی از ژنهای کنترلکننده صفات فنوتیپی هستند و جز نخستین نشانگرها به شمار میآیند و از زمانهای بسیار دور یعنی از زمانی که محل ژنها روی کروموزوم مشخص شد، مورد استفاده قرار میگرفتند (2).
معایب نشانگرهای مورفولوژیک
– اغلب دارای توارث غالب و مغلوب بوده و اثرات اپیستازی و پلیوتروپی دارند.
– تحت تاثیر شرایط محیطی و مرحله رشد موجود قرار میگیرند.
– فراوانی و تنوع کمی دارند.
– گاهی برای مشاهده و ثبت آنها باید منتظر ظهور آنها ماند.
– اساس ژنتیک بسیاری از نشانگرهای مورفولوژیک هنوز مشخص نشده است(2).
2-3-1- نشانگرهای پروتئینی
در دههی 1950، نشانگرهای پروتئینی قابل مشاهده توسط الکتروفورز پروتئینها تحول شگرفی را ایجاد نمودند. برخی از تفاوتهای موجود در ردیفDNA بین دو موجود ممکن است به صورت پروتئینهایی با اندازههای مختلف تجلی کنند، که به روشهای مختلف بیوشیمیایی قابل ثبت و مطالعه میگردند. این قبیل نشانگرها را نشانگرهای مولکولی در سطح پروتئین مینامند که از آن جمله میتوان به سیستم آیزوزایم[1]/آلوزایم[2] اشاره کرد. معمولترین نوع نشانگرهای پروتئینی آیزوزایمها هستند که فرمهای مختلف یک آنزیم را نشان میدهند. آیزوزایمها به طور گسترده در بررسی تنوع ژنتیکی بهکار گرفتهشدند. نشانگرهای پروتئینی تغییرات را در سطح ردیف و عمل ژن به صورت نشانگرهای همبارز نشان میدهند. اما این دسته از نشانگرها هم دارای معایبی هستند. برخی از معایب آنها عبارتاند از:
فرم در حال بارگذاری ...
[سه شنبه 1399-10-09] [ 09:13:00 ب.ظ ]
|